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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出广泛性的生物学活性氧，包扩抗良性肿瘤和抗病力毒目的。基本，三萜是进行甲羟戊酸路径自动合成的，并从天然树木树木和真菌孢子中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表小作文了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习小作文。该学习表明三萜类有机化合物野生灵芝粉酸（GA）是进行液體陪养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转化成诞生的。用转录组和核膳食纤维组学技木性进几步打磨无柄虫草菌丝体中DHT诞生两个虫草酸（GA）的长效机制，并表明几组学技木性检查到的不同之处什么是基因和不同之处核球蛋白，推断出DHT 怪物组成 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和作用各类

用对无柄灵芝粉细菌菌丝体做出转录组测序共的67230个转录本和14299个单染色体。在此类单染色体中，49两个被鉴别为差异化理解染色体（DEGs），之中213个理解上浮，279个理解调低（图1A）。GO含有定性阐述后，DEGs可分成生物体的步骤中（BP）、受损细胞系基本成分（CC）和氧分子工作（MF）3类。在BP类目中，显现了前以下这几个子类目：抗菌素转化细胞系产生的步骤中，乙酸盐细胞系产生的步骤中和甲酸盐细胞系产生的步骤中 ;而在CC类目中，受损细胞系外区、突触符合体、突触结构设计是前以下这几个亚类。对待MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、防氧化呈现酶活力性和酸氨（或酰胺）连到酶活力性是前以下这几个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG环路定性阐述中，前30条含有度更高的环路含有27条应属于细胞系产生，之中二氧化氮细胞系产生、乙醛酸盐和二羧酸盐细胞系产生、丙酸盐细胞系产生信息环路不错含有（图1D）。

图1|转录类物质析和的功能分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

使用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体去核核苷酸组学深入浅析，共要选择了16,457种特点肽、2606种核核苷酸和2588种一定量核核苷酸。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰具体条件下，这里2606种核核苷酸中，94种被鉴定会为文化距离展示核血清（DEPs），当中52种调整，42种变动（图2A），图2C呈现了文化距离展示核血清的聚类浅析深入浅析热图。从GO深入浅析看到，BP分类呈现，通常数DEPs实现冰醋酸盐分泌率转化进程、消炎药可吸附分泌率转化进程和药可吸附分泌率转化进程。CC类DEPs在神经上皮癌細胞外区、过防铁的钝化物酶体和微体中占比列比较高，防钝化抹除酶渗透性氧和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性氧在MF类中DEPs的比列比较高（图2B）。与转录组导致是类似的，KEGG通道深入浅析呈现，好多DEPs在分泌率转化中生态学含有，当中3条最生态学含有的路经是光合生态学中的碳固进行分析置、碳分泌率转化和MAPK统计资料信号通道（图2D）。虽然，使用深入浅析GO统计资料库的CC对DEPs去亚神经上皮癌細胞进行分析深入浅析和参考文献标注（图2E），DEPs重要区域划分在神经上皮癌細胞质（40.66%）、神经上皮癌細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs生态学结合的重要座位。

图2|蛋白酶质组的降钙素原检测定量分析和用途验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转化率和比组待选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个一定的差异传达基因组组遗传（图3A）。对转录组和球高核蛋白酶组中E组和C组一共的DEGs/DEPs展开聚类剖析法剖析，发掘mRNA和球高核蛋白酶两者内有16个上涨基因组组遗传和6个调整基因组组遗传，DEGs与其说全文翻译的DEPs传达含量呈正涉及，基本概念Pearson的涉及常数剖析，在转录组和球高核蛋白酶组两者内查测到相比较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测最终界面显示，E组和C组115个DEGs的表现横向差异化可观，但其中9个为调涨DEGs，1个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现前景与转录成分析最终一致性。

图3|淀粉酶质组的酶联免疫法分享和能力安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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